La mise en place du CSE peut-être négociée à chaque niveau, dans chaque périmètre de mise en place. En principe, il se négocie au niveau de l’entreprise. Cependant, il existe une hiérarchie entre les accords. Ainsi l’accord de groupe prime sur les accords d’entreprise, qui eux-mêmes priment sur les accords d’établissement distinct. Ainsi une entreprise ne peut définir des périmètres différents pour la mise en place d’instances dans ses établissements si l’accord de groupe a procédé à ce découpage.